使用VASP軟件做分子動力學模擬
更新時間 2025-08-19 18:10:07
最近更新時間: 2025-08-19 18:10:07
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天翼云彈性高性能計算支持使用VASP軟件做分子動力學模擬,本文為您介紹該應用場景下的操作步驟。
背景信息
VASP全稱Vienna Ab-initio Simulation Package,VASP是維也納大學Hafner小組開發的進行電子結構計算和量子力學-分子動力學模擬軟件包。它是材料模擬和計算物質科學研究中最流行的軟件之一。
準備工作
- 已創建彈性高性能計算E-HPC集群。
- 已創建集群用戶。
- 需要安裝的軟件:Intel OneAPI 2022、VASP 5.4.4。
操作步驟
1.登錄EHPC集群,安裝VASP 5.4.4。
#?加載?intel?OneAPI?環境變量;
source?/opt/intel/oneapi/setvars.sh
#?進入vasp安裝包目錄
cd?/opt/vasp.5.4.4
#?準備編譯配置文件
cp?arch/makefile.include.linux_intel?./makefile.include
#?根據需要,選擇編譯的模塊?std表示標準模塊,all編譯所有模塊
make?std
編譯完成后,會生成對應的應用程序可執行文件:
2.作業提交
準備測試文件,將vasp_std拷貝到作業目錄下,使用hpcuser用戶提交任務:
創建Slurm腳本 submit.sh,使用2臺節點,每節點使用16核:
#!/bin/bash
#SBATCH?-J?VASPtest
#SBATCH?-N?2
#SBATCH?--ntasks-per-node=16
source?/opt/intel/oneapi/setvars.sh
mpirun?./vasp_std
提交任務:提交后會生成作業ID。
使用scontrol show job JOBID 命令,可查看作業運行狀態;
使用scancel JOBID 命令,可以終止作業。